Modelos de arquivos
Disponibilizo abaixo alguns arquivos Rmd que podem auxiliar você a produzir documentos contendo mapas, tabelas e outros, por meio de códigos em R. Pretendo disponibilizar arquivos variados para que eles possam ser mesclados e ajudar o praticante iniciante na produção do que ele desejar.
Análise exploratória de dados - Conjunto de dados iris
Disponível em: /docs/exemplos/aed_iris.Rmd.
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title: "Análise exploratória de dados - iris"
author: "Euzinho Euzo Euzão"
date: "15 Maio 2024"
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```{r, include=FALSE}
# estafuncao checa se os pacotes em `lista_de_pacotes` estao instalados no seu computador; se nao estiverem, a funcao vai instalar para vc
lista_de_pacotes <- c("ggplot2")
pacote_nao_instalado <- lista_de_pacotes[!(lista_de_pacotes %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(pacote_nao_instalado)) {install.packages(pacote_nao_instalado)}
```
## Análise exploratória de dados
Vou analisar o conjunto de dados chamado `iris`.
```{r, echo=FALSE}
head(iris, 5)
```
Aqui escrevo mais texto sobre meu conjunto de dados.
### Gráficos
```{r, echo=TRUE}
library("ggplot2")
iris |>
ggplot(aes(Sepal.Length, Sepal.Width)) +
geom_point()
```
## Colocarei uma figura localizada em outra pasta
Usarei o caminho relativo.
Mapa interativo com pacote leaflet
Disponível em: /docs/exemplos/mapa1.Rmd.
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title: "Exemplo - Mapa"
author: "R. O. Perdiz"
date: "1 Jan 2024"
output: html_document
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Um mapa bonito para compartilhar.
```{r}
library("leaflet")
leaflet() |>
addTiles() |>
setView(-60.691585, 2.834153, zoom = 19)
```Referência cruzada em figuras e tabelas
Disponível em: /docs/exemplos/referencia_cruzada.Rmd.
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title: "Análise exploratória de dados"
subtitle: "Aqui vai o subtítulo"
author: Ricardinho
date: 4 Jun 2024
# documentclass: book
output:
bookdown::pdf_document2:
toc: true
# includes:
# in_header: "header.tex"
# before_body: "before-body.tex"
# bookdown::word_document2:
# reference_docx: modelo.docx
# theme: cerulean
# fig_width: 12
# fig_height: 10
# lof: yes
# lot: yes
bibliography: minhaprimeiraref.bib
csl: associacao-brasileira-de-normas-tecnicas.csl
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```{r, echo=FALSE, eval=TRUE, message=FALSE}
library("knitr")
variavel1 <- 5+2
variavel2 <- variavel1 +2
library("dplyr")
exemplinho <- read.table("exemplinho.csv", sep = ",", header = TRUE)
```
\newpage
```{r, echo=FALSE, eval=FALSE}
1+1+1+1+1+2
```
```{r}
#| echo: true
#| eval: false
#| include: false
#| message: false
#| warning: false
5+2
```
# Introdução
## Subintrodução
Aqui está a variável 1: `r variavel1`.
Aqui eu tenho um texto introdutório sobre minha análise exploratória de dados (AED) referentes a carros.
Vejam a figura \@ref(fig:fig1).
```{r fig1, fig.cap = "Aqui vai a legenda das figuras.", out.width="120%"}
plot(mtcars)
```
Olha a fotinha \@ref(fig:fotinha).
```{r fotinha, fig.cap= "Fotinha", out.width="50%"}
#| echo: false
knitr::include_graphics("fotinha.JPG")
```
```{r}
magick::image_read("../fotinha.JPG") |>
magick::image_scale("x700")
```
A tabela \@ref(tab:minha-tabela) expõe as primeiras 6 linhas do conjunto de dados 'mtcars'.
```{r minha-tabela}
knitr::kable(head(mtcars), caption = "Aqui vai a legenda de tabelas, isto é, dentro do argumento 'caption' da função knitr::kable")
```
# Material e métodos
Aqui eu discorro sobre os métodos utilizados para responder minhas perguntas.
Uma lista de refs [@Xieetal2020;@Yaoetal2024].
## Localidades
## Análise de dados
```{r, echo=FALSE, warning=FALSE}
library("palmerpenguins")
library("ggplot2")
ggplot(penguins) +
geom_point(aes(x = bill_length_mm, y = bill_depth_mm, color = species)) +
theme_bw()
```
# Resultados
## Genética
### ddradSEQ
## Morfologia
Reunimos um conjunto de `r nrow(mtcars)` observações e `r ncol(mtcars)` variáveis.
```{r}
mtcars2 <- dplyr::bind_rows(mtcars, mtcars)
```
Na série temporal do ano de 2019, houve `r nrow(mtcars2)` observações e `r ncol(mtcars2)` variáveis para estimar o traço funcional do solo papapa.
A tabela \@ref(tab:tab2) evidencia as seis primeiras linhas de nosso conjunto de dados.
```{r tab2}
#| echo: false
dados = read.table("exemplinho.csv", header = TRUE, sep = ",")
knitr::kable(dados, caption = "Seis primeiras linhas do conjunto de dados iris.")
```
Coletamos `r length(unique(dados$Species))` espécies diferentes.
As espécies coletadas foram `r glue::glue_collapse(x = sort(unique(dados$Species)), sep = ", ", last = " e ")`.
`r 1+1`
| Nome | Altura |
|---------|--------|
| Lysne | `r 1+1`|
| Luciana | `r 1+2`|
| Rhaylla | 1,68 |
| José | 1,82 |
| Sylvio | 1,73 |
| Carlos | 1,75 |
| Ricardo | 1,79 |
: https://www.tablesgenerator.com/
# ReferênciasAparência
Disponível em: /docs/exemplos/aparencia.Rmd.
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title: "Aparência"
author: "Reginaldo"
date: "`r Sys.Date()`"
output:
html_document:
theme: spacelab
highlight: textmate
---
## Controlando a aparência
Por meio do argumento `theme` dentro do YAML, podemos controlar a aparência de seu arquivo HTML.
Possíveis valores incluem:
> default, bootstrap, cerulean, cosmo, darkly, flatly, journal, lumen, paper, readable, sandstone, simplex, spacelab, united, yeti
Teste cada uma dessas possibilidades e veja como fica a aparência de seu produto.
Para testar, escreva dessa maneira no seu YAML:
```yaml
---
title: "Análise exploratória de dados"
author: Guguinha
output:
html_document:
theme: journal
---
```
## Como é a aparência do código presente em meu arquivo Rmd?
Suponha que eu possua o código abaixo:
```{r}
1 + 1
```
Como ele vai aparecer no produto final?
Nós controlamos essa variável por meio do argumento `highlight`.
As opções disponíevis incluem:
> default, tango, pygments, kate, monochrome, espresso, zenburn, haddock, breezedark, textmate
Teste as opções em seu YAML escrevendo como abaixo:
```yaml
---
title: "Análise exploratória de dados"
author: Guguinha
output:
html_document:
highlight: espresso
---
```Controle de figuras
Disponível em: /docs/exemplos/controle_figuras.Rmd.
---
title: "Controle de figuras"
author: Guerreira Luaninha
date: 4 Jun 2024
output:
bookdown::html_document2:
fig_width: 10
fig_height: 6
fig_caption: true
---
Podemos controlar como as figuras aparecerão em nossos produtos por meio dos argumentos YAML a seguir:
+ `fig_width` e `fig_height` controlam, respectivamente, a largura e altura da imagem;
+ `fig_caption` controla se as figuras devem ser compiladas com ou sem legendas (valores possíveis `true` ou `false`)
+ `dev` controla qual dispositivo deve compilar as figuras, isto é, se `pdf`, `png`, ou outros (padrão é o `png`).
Vejam possibilidades abaixo e testem em seus arquivos:
```yaml
---
title: "Análise exploratória de dados"
author: Guerreira Luaninha
date: 4 Jun 2024
output:
html_document:
fig_width: 7
fig_height: 6
fig_caption: true
---
```
Vejam a figura \@ref(fig:fig1).
```{r fig1, fig.cap = "Aqui vai a legenda das figuras."}
plot(mtcars)
```Referências bib
Disponível em: /docs/exemplos/minhaprimeiralistadereferencia.Rmd.
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title: "Minha primeira vez usando arquivo Bib"
author: "Mago Joãozinho"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
bibliography:
- minhaprimeiraref.bib
csl: associacao-brasileira-de-normas-tecnicas.csl
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# Introdução
Um artigo citado de maneira direta, @Cysneirosetal2024.
Um artigo citado de maneira indireta [@Cysneirosetal2024].
Um livro [@SenhorasSenhoras2020].
Uma base de dados [@ibge_producaoagricola].
Um pacote de R [@Xieetal2020].
R [@R2024].
Um livro na mão [@Meszaros2009].
Vamos supor que eu queira citar duas referências indiretamente de vez [@Meszaros2009;@R2024].
Direto @R2024.
Segundo fulano de tal:
*Essa é uma transcrição literal do que fulano falou* [@Yaoetal2024]
Eu vou citar uma ref do meu arquivo baixado do Web of Science [@Yaoetal2024].
Uma lista de refs [@Paiva_2021;@Xieetal2020;@Yaoetal2024].
# ReferênciasVocê pode baixar também um arquivo .bib como exemplo. Construímos este arquivo em sala de aula:
Temos também um arquivo csl com normas da ABNT. Baixe-o por meio do endereço abaixo: